Madrasah Aliyah Citra Cendekia menerapkan sistem pembelajaran moving class,  peserta didik akan menjalani proses belajar mengajar yang nyaman dan menyenangkan lewat sistem moving class, yaitu sistem kelas yang berpindah-pindah sesuai dengan mata pelajaran yang terjadwal di masing-masing jam pelajaran. Setiap ruang kelas yang ada di sekolah kami pun telah didekorasi secara tematis mengikuti mata pelajarannya masing-masing, diantaranya ada Laboratorium Fisika, Laboratorium Biologi, Laboratorium Kimia, dan Kelas Bahasa. Saat ini, ruang kelas lainnya masih dalam tahap renovasi agar menjadi ruang tematis yang menarik bagi siswa. Sistem moving class yang dinamis dan nuansa kelas yang segar, memungkinkan siswa terhindar dari rasa jenuh dan bisa menerima pelajaran dengan lebih baik. Selain itu, aneka fasilitas dan media pembelajaran dengan memanfaatkan teknologi terkini yang tersedia di dalam masing-masing ruang kelas pun dapat mendorong proses belajar mengajar menjadi jauh lebih optimal. Pemanfaatan teknologi salah satunya adalah penggunaan E-Learning dalam proses belajar mengajar. Madrasah Aliyah Citra Cendekia menerapkan sistem pembelajaran full day school dengan waktu kegiatan sebagai berikut:

Senin — Jumat : Pukul 06.45 — 15.30.